Фармацевтический проезд располагается в районе Коптево, в составе СВАО столицы. Проезд начинается от улицы Клары Цеткин, тянется на северо-восток, траектория проезда проходит пятьсот пятьдесят метров, далее поворачивает на юго-восток, заканчивается возле Коптевской улицы, переходит в Коптевский бульвар. Недалеко от Фармацевтического проезда расположен Соболевский проезд, так же находится Старокоптевский переулок. Коптевский бульвар соединяет Фармацевтический проезд с бульваром Матроса Железняка и примыкает к Большой Академической улице. Большая Дмитровская улица переходит в Третий Нижнелихоборский проезд, который тянется до Дмитровского шоссе. Расстояние от Фармацевтического проезда до Дмитровской трассы составит три с половиной километра. Юго-западный участок Академической улицы выходит к Балтийской улице и улице Алабяна, около пересечения Балтийской улицы с Ленинградским проспектом.
Напротив Фармацевтического проезда к улице Клары Цеткин выходит Новопетровский проезд. Новопетровский проезд тянется на юго-запад до Ленинградского шоссе. Расстояние от Фармацевтического проезда до Ленинградского шоссе составит один километр двести метров.
В восьмисот метрах от Фармацевтического проезда, находится большая природная территория академии сельского хозяйства имени К. А. Тимирязева. Природный сектор академии протянулся около Большой Академической улицы. Возле пересечения Большой Академической улицы с Коптевским бульваром расположен стадион «Наука» и Большой Академический пруд возле стадиона.
Своё название Фармацевтический проезд получил в 1990-х годах, возле проезда находится Фармацевтическая фабрика. Фармацевтический проезд пересекает промышленный сектор № 13 «Коптево».
Протяжённость Фармацевтического проезда составляет семьсот метров, около Фармацевтического проезда находятся:
- Гаражный сектор.
- Складские помещения ЦУМа.
- Фармацевтический завод «Фармакоптево».
- Офисное здание, в здании расположены: офис интернет-провайдера «Severnet», типография «Печатный экспресс», офисы других организаций.
- Транспортное предприятие ОАО «Управление механизации № 3».
- Московский комбинат по производству детских игрушек, считается одним из крупнейших производителей игрушек в России.
В восьмидесяти метрах от пересечения Фармацевтического проезда и Коптевской улицы находится «Коптевский» рынок. Так же на территории Коптевского бульвара, возле Фармацевтического проезда, располагается спортивный городок. Спорткомплекс состоит из крытой площадки, скейт-парка, тира. За спортивным комплексом размещается детский парк «Бригантина». В парке располагаются прогулочные аллейки, всепогодный ледовый каток, детский игровой комплекс, природный сквер, православный храм.
Около Фармацевтического проезда находится мало зелёной растительности, небольшие островки зелёных насаждений прилегают к зданиям и постройкам возле Фармацевтического проезда. В километре севернее Фармацевтического проезда находится Головинский парк и каскад Головинских прудов на территории парка.
Метро «Водный Стадион» располагается в двух километрах от Фармацевтического проезда. По Коптевской улице, возле Фармацевтического проезда курсируют маршрутки № 658м и автобусы №№ 827, 114, 888.