Средний Трёхгорный переулок размещается в районе Пресненский в ЦАО. Проходит от Рочдельской улицы на северо-запад, преодолевает небольшое расстояние и смещается в северо-восточном направлении, заканчивается описываемый переулок, примыкая к Большому Предтеченскому переулку. К Среднему Трёхгорному переулку примыкают, с юго-востока подходит Нововаганьковский переулок, с запада примыкает Николоваганьковский переулок.
Параллельно Среднему Трёхгорному переулку протянулся Большой Трёхгорный переулок, который пересекается с улицей Красная Пресня, не далеко от площади Краснопресненской Заставы. Несколько восточнее пролегают Малый Трёхгорный переулок, а так же Глубокий переулок.
Южнее Среднего Трёхгорного переулка расположено русло Москвы реки. Около берега реки на этом участке протянулась Краснопресненская набережная. Недалеко так же находится площадь Свободной России, а так же Новоарбатский мост соединяет берега реки Москвы. На территории Новоарбатского моста Кутузовский проспект примыкает к улице Новый Арбат.
В трёхсот метрах от Среднего Трёхгорного переулка находится улица Трёхгорный Вал, к которой прилегает Шмитовский проезд. Шмитовский проезд протянулся на большое расстояние до трассы Третьего транспортного кольца. На этом пересечении находится транспортная развязка «Москва-Сити».
Улица Трёхгорный Вал проходит до территории площади Краснопресненской Заставы. От площади на северо-запад отходит Звенигородское шоссе. После примыкания к площади Краснопресненская Застава, Трёхгорный Вал продолжается, как Пресненский Вал.
Комплекс Трёхгорных переулков получили свои названия в 19-м веке по расположению около Трёхгорного Вала. Изначально Средний Трёхгорный переулок известен, как Первый Никольский переулок. А так же расположенный поблизости Нововаганьковский переулок носил название Большой Никольский переулок. Старые названия переулкам были даны по православной церкви, что в новом Ваганькове на Трёх горах.
Протяжённость Среднего Трёхгорного переулка составляет триста сорок метров, около Среднего Трёхгорного переулка размещаются:
- Административное здание.
- Фитнес-клуб «Каскад».
- Четырёхэтажное офисное здание.
- Православный храм.
- Развалины старинного здания.
- Заброшенная строительная площадка.
- Многоэтажное здание, строй застройки.
- Городская клиническая больница.
- Жилые многоквартирные здания.
- Детский сад, ясли.
- Автосалон.
Около Среднего Трёхгорного переулка достаточно много зелёных насаждений, переулок хорошо озеленён. А так же не далеко от переулка находится зелёный парк. Несколько восточнее располагается детский парк «Пресненский».
Остановки маршрутного транспорта размещаются на улице Заморёнова, по которой курсируют автобусы №№ 69, 39, 850, 152 и троллейбусы №№ 95, 66, 35.
Станция метро «Краснопресненская» расположена в семисот метрах от Среднего Трёхгорного переулка.